賀茂別雷神社（上賀茂神社）の神職松下能久が、「霊光の照らした地に一宇を建立せよ」との神託を受け、建立されました。神光院という寺名はこの由緒によるものです。
弘法大師が42歳の夏に、修行を行った場所とされます。修行を終え寺を去る際に、池に映る自身の姿を見ながら彫られた木像が、当院の本尊であり「厄除け大師」として信仰されています。
毎年７月下旬には、弘法大師がキュウリに疫病を封じて病気平癒を祈願したことにちなみ、疫病よけの「きゅうり封じ」（きうり加持）が行われています。
真言宗御室派総本山。第59代宇多天皇が、先帝である光孝天皇の遺志を継ぎ、仁和４年（888年）に建立。寺名は元号から仁和寺となりました。宇多天皇が、仁和寺第１世寛平法皇となってからは、明治時代まで皇子皇孫が代々門跡（住職）を務めた格式高い寺院であります。
裏山の成就山には、四国八十八ヶ所霊場から持ち帰ったお砂を埋めた上にお堂を建てた、御室八十八ヶ所霊場があります。参拝道は自然にあふれ、京都の四季の移り変わりを感じられ、約３㎞のコースとなっています。
真言宗の総本山であり、根本道場。開基は桓武天皇。
平安遷都と共に官寺（国立の寺院）として建立された東寺を、唐で密教を学んで帰国した空海（弘法大師）が嵯峨天皇より賜り、真言密教の根本道場としました。弘法大師に対する信仰の高まりとともに「お大師様の寺」として天皇、貴族から将軍・武家そして、庶民の信仰を集めるようになりました。
空海（弘法大師）の月命日である21日を縁日として、寺の境内にはたくさんの露店が市を開き、「弘法市」「弘法さん」と呼ばれ、大勢の参詣者でにぎわいます。